Trimodális kapcsolati előnyeit kihasználva a MAHART Container Center bárkajáratok indítását is szervezi a vele együttműködő hajóstársaságok, fogadó kikötők közreműködésével. Jelenleg kéthetente fogad és indít a terminál önjáró hajót Konstanzából, Belgrád és Galac lehetséges kikötők érintésével, illetve rendszeres bárkajáratot tart fenn Ausztria fontosabb kikötőivel, mint Bécs, Enns, Linz. Eseti jelleggel, igény alapján Regensburg, Pozsony felől érkező, vagy felé induló bárkákat, hajókat is kiszolgál a terminál. A vízi közlekedési kapcsolatok fejlesztésére társaságunk fokozottan koncentrál a vízi kapcsolatokban rejlő kihasználatlan potenciál miatt.